Die Biologiebecken 3+4 wurden im Zuge der dritten Ausbaustufe von 2009 – 2011 gebaut. Aufgrund der zunehmenden Einwohnerzahlen fällt mehr Abwasser an. Dies erforderte eine abermalige Erweiterung der ARA in Gunzgen.
Dem Stand der Technik wurden die Becken 3+4 angepasst. So werden die Becken im A/I-Verfahren (A: alternierend, I: intermittierend) betrieben. Mit diesem Verfahren wird neben dem Abbau der organischen Schmutzstoffe eine energieeffiziente Stickstoffumwandlung (Nitrifikation / Denitrifikation) erreicht.